Каракол шаарын 1869-жылы барон А.В.Каульбарс негиздеген. Ошол эле жылы Аксуу чепинен убактылуу кийиз чиркөөсү ташылган. 1870-жылы кийиз дубалдары жыгач менен алмаштырылган. 1876-жылы бул чиркөөнүн ордуна Архиепископ Зефаниус Ыйык Үч Бирдиктин урматына ыйыктаган жаңы кирпичтен чиркөө курулган. 1889-жылы, храм толугу менен Чилик жер титирөөдөн улам талкаланган[2][3]. Заманбап жыгач чиркөө Верный инженерлеринин жеке долбоору боюнча Масликовдордун үй-бүлөсү тарабынан эски чиркөөнүн ордуна курулган. Ал 1895-жылы 12-ноябрда ыйык кызмат кылуучу тарабынан ыйыкталган.

Совет бийлигинин жылдарында храм жабылып, тонолуп кеткен. Имарат балдардын спорт мектебине берилди. Төрт чатыр, коңгуроо мунарасы жана эки каптал подъезд демонтаждалып, кресттер алынып салынды. 1944-жылы «Чиркөөлөрдү ачуу тартиби жөнүндө» жобого ылайык чиркөө православдык жамаатка кайтарылган. Ибадаткананы акырындык менен калыбына келтирүү башталган, бирок 1961-жылы ал жабылып, кайрадан балдар спорт мектебине берилген. Өз кезегинде динге ишенгендерге шаардын сыртында иштебей турган нан заводунун кампасы берилди.

Спорт мектеби 1982-жылга чейин имаратта жайгашкан, кийин бош турган. 1986-жылы Г.С.Ковтундун жетекчилиги астында баштапкы көрүнүшүн калыбына келтирүү башталган. 1989-жылы имаратка край таануу музейин ачуу чечими кабыл алынып, саясий кырдаалга байланыштуу аткарылган эмес.

1992-жылы, православдык коомчулук ошол убакта эскирип, жарым-жартылай чирип калган ийбадаткананы кайтарып алган. Паришионерлердин аракети менен 1995-жылы калыбына келтирилген. Ошол эле учурда ийбадаткана чиркөөнүн менчигине кайтарылган.

19-кылымдын аягында Россиянын шаарларында жыгачтан чиркөөлөр курулбай калган, бирок 1889-жылдагы жер титирөөдө Жети-Суудагы дээрлик бардык кыш чиркөөлөр талкалангандыктан, жер титирөөгө туруктуу жыгач чиркөөлөрдү куруу чечими кабыл алынган. Түркстанда жыгач храм архитектурасынын жаңы гүлдөшү башталды. Бул чиркөөлөрдүн пландары кайчылаш куполдуу моделдин негизинде түзүлгөн, бирок алар негизинен даракка тегерек форманы жана жылмакай контурларды бере албагандыктан, модификацияларга ээ болгон.