Ысык-Көл мамлекеттик университети кооз Ысык-Көл облусунун борборунда, Каракол шаарында жайгашкан. Республикадагы эң ири окуу жайлардын бири болгон университет Кыргыз ССР Эл Комиссарлар Кеңешинин 1940-жылдын 13-июнундагы токтому менен эки жылдык мугалимдер институту болуп түзүлгөн.
Институттун биринчи директору А.Шендрих болсо, анын орун басары болуп белгилүү филолог З.Бектенов иштеген.

1941-жылы Улуу Ата Мекендик согуштун башталышында Фрунзе педагогикалык институту Пржевальск шаарына которулуп, Мугалимдер институтуна бекитилген. Ал кезде окуу жайды Кыргызстандагы эң алгачкы химиктердин бири С.Арбаев жетектеген.

1944-жылы Пржевальск шаарындагы мугалимдер институту калыбына келтирилип, ага ошол эле шаарда туулган, 1941-жылдын 10-июнунда биринчилерден болуп Баатыры наамы ыйгарылган Г.Дмитровдун ысымы ыйгарылган. Улуу Ата Мекендик согуштун жылдарында Белоруссия үчүн салгылаштарда көрсөткөн эрдик үчүн Советтер Союзу.

СССР Министрлер Советинин 1953-жылдын 22-апрелиндеги токтому менен мугалимдер институтунун базасында Пржевальск мамлекеттик педагогикалык институту тузулген. С.Юсупов институттун ректору болуп дайындалды. Университет жаңы статуска ээ болуу менен бир гана Ысык-Көл, Нарын облустары үчүн эмес, бүткүл Кыргызстан үчүн мугалимдерди даярдоону жогорку деңгээлге көтөрдү. Республикадагы жогорку педагогикалык окуу жайларынын алдыцкыларынын бири болуп калды.

1992-жылдын 18-декабрында Кыргызстандын эгемендүүлүккө ээ болушу менен университетибиз университетке айланып, ага таланттуу тилчи, тунгуч профессордун ысымы ыйгарылган! Кыргыз элим Касым Тыныстанов. Ошентип, университеттин профессордук-окутуучулар составы республиканын эл чарбасынын бардык тармактары учун квалификациялуу, зарыл кадрларды даярдоого киришти.

Кыргызстанда гана эмес, чет өлкөлөрдө да таанылган бүтүрүүчүлөрүбүз: академиктер Ж.Жээнбаев, Б.Орузбаева, А.Карыпкулов, ошондой эле белгилүү окумуштуулар Э.Маанаев, И.Бийбосунов, А.Орусбаев, А.Токтосопиевдер университеттин сыймыгы болушкан. , С .Абдуллаев, К.Дабаев, К.Абдылдаев, Н.Мааткеримов, Социалисттик Эмгектин Баатырлары К.Мамбеталиев, Ш.Шүкүрбаева, СССРдин эл мугалими Ж.Утуров, Кыргызстандын эл мугалими Ж.Өзүбекова, эмгек сиңирген мугалимдер А. Ахматов, Х.Ахметова, А.Кангелдиев, мамлекеттик жана коомдук ишмерлер Ж.Сааданбеков, Ж.Каныметов, А.Абдурехменова, Т.Мамытов, Т.Ишемкулов, А.Нарынкулов ж.б.

Ысык-Көл мамлекеттик университетинин жамааты профессор-окутуучулар Х.Карасаев, З.Бектенов, К.Бейшенбаев, О.Рудковский, Ш. Кузьмина, М.Жумагулов, Ж.Мамытов, Т.Орунбаев, Д.Чынгышев жана башкалар университеттин өнүгүшүнө зор салым кошкон.